팝업을 전면에 띄움으로써
헤더페이지에 지정해놓으신 top:207px  설정의 우선순위가 뒤로 밀려서 생긴 문제였습니다.

이렇게 우선순위가 밀릴 경우 속성에 !important를 추가해주시면 해결됩니다. (확인 과정에서 추가해드렸습니다.)
.AB-wide-gnb-sub { top:207px !important; }