저희 BOS솔루션에는 로그보관기간에 따른 자동삭제 기능 외에는 방문로그 자동삭제와 관련된 로직이 아예 없습니다.
저희가 운영하는 원본계정, 테스트계정 모두 정상이고 다른 고객님들로부터 관련 문의를 받은 적이 없습니다.
프로그램파일을 수정하셔서 별도 로직을 추가하지 않으셨다면 수동으로 삭제하셨다고밖에 추측이 안됩니다.

수동 삭제 예방을 위해
1) FTP, DB, 관리자 비밀번호를 바꿔서 관리하시기 바랍니다.
2) 방문로그 게시판의 '삭제'기능을 사용했을 때 로그를 남기도록 설정해보시기 바랍니다.
방법: 에디트플러스 접속 > www/private_info.inc.php 파일 약 203라인 > 'delete'=>array() 괄호 안에 'TCSYSTEM_visit_log'를 추가

//변경전
$GLOBALS['VI']['query_log'] = array('update'=>array('TCMEMBER'), 'delete'=>array('TCMEMBER'));

//변경후
$GLOBALS['VI']['query_log'] = array('update'=>array('TCMEMBER'), 'delete'=>array('TCMEMBER','TCSYSTEM_visit_log'));