게시물 목록에서 페이징을 처리하는것, 분류 등의 검색박스를 넣는것은 매우 보편적인 방식입니다.
그게 문제가 될거라고 생각하지는 않습니다.

아울러 홈페이지 url 에 category 등의 변수가 들어가는 것은 구글 로봇이 수집해가지는 않을것 같고
어딘가에 그런 url 이 링크되어 있을 가능성이 있습니다.
(누군가 그런 url 을 링크거는것 까지 홈요솔루션이 막을 수는 없습니다.)

그래도 위의 이슈들이 문제가 된다면,

1. 페이지링크를 제거하시고 모든 목록을 한 페이지에 노출시키는 방법도 있습니다.
이 경우 게시물이 많으면 로딩속도가 오래걸리는 문제가 발생하니 주의 하세요.

2. category_1 등의 값이 url에 들어가지 않도록 하는 방법으로는 분류 필터링 박스를 제거하는 방법도 있습니다.

모두 홈요솔루션으로 직접 가능하십니다.
필요하시면 Q&A교육 시간에 안내 드리겠습니다.

그리고 컨텐츠 하단의 리스트 처리에 불가피한 사항일진 몰라도,

구글 친화적인 웹솔루션 프로그램으로는 전혀 맞질 않습니다.
( 오랫동안 구글 중복사이트 패널티에 관한 부분을 살펴보았고,
g4cube.sitecook.kr 서브도메인 문제, 그리고 지금 이 문제로 인해
당사 사이트는 구글에서 엄청나게 패널티를 받아오고 있습니다. )

이 문제는 비롯 저뿐만이 아니라 다른 분들에게도 해당되는 사항일 것입니다.

구글쪽에도 관심을 가져주세요.

한 가지만 예를 들어 주세요. 아이프레임 처리를 어떻게 하는지 모릅니다.