질문이 막연하여 뭐라 답을 드려야 할지 모르겠습니다.^^
사이트를 전면 바꾸셨다면 url 등이 달라져서 검색엔진에서 삭제가 된 걸 수도 있고요.
대부분의 경우 시간이 흐르면 다시 등록될 겁니다.
각 검색엔진업체마다 문의해 보시면 보다 정확한 답을 얻으실 수 있습니다.